Méthodes omiques et écosystèmes microbiens des laits et des fromages

Un nouveau regard sur les écosystèmes laitiers et fromagers :

Adaptation, développement et appropriation des méthodes omiques à des fins d’écologie microbienne

Période de réalisation du projet : 2019-2022

Filières des Savoie impliquées directement dans le projet :

Le projet multipartenaire Adamos, porté par Ceraq, vise à apporter aux filières fromagères de terroir un nouveau regard sur les écosystèmes microbiens des laits et des fromages, en leur rendant accessibles de nouvelles méthodes d’analyse du matériel génétique reposant sur le séquençage haut débit de fragments d’ADN et sur le séquençage de l’ARNm. Ces méthodes sont développées et testées afin de répondre aux questionnements des filières sur les écosystèmes microbiens des laits et des fromages.

Des études de cas mises en place avec des objectifs différents selon les enjeux des filières, par exemple :

évaluer l’impact sur la flore microbienne de différentes méthodes d’ensemencement et de différents paramètres technologiques (comme la température de maturation du lait),
rechercher un lien entre la flore et l’apparition d’un défaut,
étudier la diversité des écosystèmes microbiens au cours de la fabrication.

Les objectifs du projet

Dès le démarrage du projet, les partenaires se sont mobilisés afin de faciliter l’appropriation des méthodes omiques par les filières, via des actions de sensibilisation basées sur des travaux existants. Une démarche d’harmonisation des protocoles et de structuration des compétences et des ressources nationales et locales a également été lancée.

Dans trois régions, des démarches méthodologiques seront testées en s’appuyant sur les outils de métagénomique pour répondre aux questionnements de filières fromagères. D’autre part, de nouvelles méthodes s’appuyant sur l’analyse de l’ARNm (métatranscriptomique) seront développées en testées en conditions réelles.

Tout au long du projet, des actions seront menées afin de valoriser les résultats et d’assurer le transfert des démarches, notamment en les diffusant auprès des filières, de la formation et de l’enseignement.

Les résultats attendus

Les exemples de questionnements

Les méthodes développées dans le cadre du projet Adamos seront testées sur des questionnements concrets de plusieurs filières :

Les temps forts du projet

Le colloque “Métagénomique et fromages de terroirs : quel nouveau regard sur la microflore ? ” a rassemblé plus de 40 participants le 21 janvier 2020 à la Miason du Lait (Paris). Il a permis de présenter, au travers de plusieurs ateliers, de présentations et de posters, le principe des outils de métagénomique et les derniers résultats obtenus sur les écosystèmes microbiens des fromages. Les présentations sont disponibles en ligne :

http://rmtfromagesdeterroirs.com/supports-de-seminaire/