Le projet multipartenaire Adamos, porté par Ceraq, vise à apporter aux filières fromagères de terroir un nouveau regard sur les écosystèmes microbiens des laits et des fromages, en leur rendant accessibles de nouvelles méthodes d’analyse du matériel génétique reposant sur le séquençage haut débit de fragments d’ADN et sur le séquençage de l’ARNm. Ces méthodes sont développées et testées afin de répondre aux questionnements des filières sur les écosystèmes microbiens des laits et des fromages.

Des études de cas mises en place avec des objectifs différents selon les enjeux des filières, par exemple :

• évaluer l’impact sur la flore microbienne de différentes méthodes d’ensemencement et de différents paramètres technologiques (comme la température de maturation du lait),
• rechercher un lien entre la flore et l’apparition d’un défaut,
• étudier la diversité des écosystèmes microbiens au cours de la fabrication.

Dès le démarrage du projet, les partenaires se sont mobilisés afin de faciliter l’appropriation des méthodes omiques par les filières, via des actions de sensibilisation basées sur des travaux existants. Une démarche d’harmonisation des protocoles et de structuration des compétences et des ressources nationales et locales a également été lancée.

Dans trois régions, des démarches méthodologiques seront testées en s’appuyant sur les outils de métagénomique pour répondre aux questionnements de filières fromagères. D’autre part, de nouvelles méthodes s’appuyant sur l’analyse de l’ARNm (métatranscriptomique) seront développées en testées en conditions réelles.

Tout au long du projet, des actions seront menées afin de valoriser les résultats et d’assurer le transfert des démarches, notamment en les diffusant auprès des filières, de la formation et de l’enseignement.

Les temps forts du projet