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ERASMO: Synergie des flores microbiennes et
valorisation des potentialités du lait cru :
exploration par métagénétique

2017 – 2020

Contexte

Les filières fromagères des Savoie bénéficient d’un signe d’identification de la qualité et de l’origine (AOP, IGP) qui leur permet de se différencier sur un marché très concurrentiel. Le lait cru est un des piliers majeurs de cette stratégie de différenciation. Les écosystèmes microbiens du lait cru et des fromages étaient jusqu’alors étudiés par des analyses pasteuriennes dont les contraintes techniques imposent une vision partielle des microorganismes présents. Le développement de la métagénétique permet aujourd’hui d’identifier plus précisément les communautés bactériennes, leur structuration, et leur diversité. L’objectif du projet Erasmo (2016-2018) était d’étudier les communautés bactériennes et fongiques, de mieux comprendre leurs structurations et dépendances, et d’étudier plus précisément la diversité de ces communautés.

Objectifs

L’objectif du projet Erasmo est d’étudier les dynamiques microbiennes des populations endogènes (du lait) et exogènes (des levains, saumures) en cours de fabrication sur 3 technologies fromagères savoyardes, grâce aux méthodes omiques afin de mettre en évidence les synergies potentielles dans le développement des différentes flores présentes.

Au niveau scientifique, au-delà des résultats qui seront innovants dans la mesure où un tel projet n’a encore jamais été mis en œuvre, l’impact sera la montée en compétences de l’ensemble des partenaires du projet, tant en termes de pratiques de la recherche développement (capacité des différentes catégories d’acteurs à travailler les unes avec les autres) qu’en termes de compétences techniques, sur la compréhension, l’analyse et l’utilisation de données issues des méthodes génomiques. Cette montée en compétences générale du Groupe Opérationnel lui permettra de participer ou développer de nouveaux projets, pour approfondir les investigations sur ce même questionnement ou traiter de nouveaux questionnements en lien avec les préoccupations des filières fromagères.
Ce projet participe à une dynamique de Recherche – développement importante et multithématique développée au niveau des Alpes du Nord dans le cadre de CERAQ : l’ambition, à travers les différents travaux, est d’acquérir les connaissances et compétences nécessaires pour conforter les filières fromagères des Alpes du Nord. Une meilleure compréhension du fonctionnement de l’écosystème microbien fromager (à travers les dynamiques microbiennes identifiées) devrait permettre au moins de limiter certains accidents de fabrication, entraînant des déclassements de fromages, voir des retraits et certainement de mettre en évidence des leviers d’action, tant au niveau de la production que de la transformation, pour renforcer la différenciation sensorielle des produits. Dans les 2 cas, cela permettra de favoriser la valorisation des fromages et par conséquences de maintenir la bonne valorisation actuelle du lait, facteur indispensable à la viabilité économique des exploitations agricoles de ces zones. Le maintien et le renouvellement d’un nombre suffisant d’exploitations est dans ces zones de montagne une condition nécessaire au maintien d’un tissu social et peut être encore plus au maintien de l’entretien de l’espace.
Les filières fromagères des Savoie, à travers l’AFTAlp ainsi que les structures techniques associées au projet (Ceraq, Actalia, Enilv) se sont depuis 5 ans fortement investies dans la mise en place et le fonctionnement d’un cadre national de Recherche – Développement sur les filières fromagères valorisant leur terroir. Le renforcement du partenariat local permis par ce projet sera un facteur important pour continuer à contribuer à ce cadre national, en étant force de propositions en termes de préoccupations à prendre en compte ou de projets à mettre en œuvre.
Bien au-delà des impacts techniques et locaux, on profitera des enseignements de ce projet pour s’interroger sur comment une meilleure connaissance de l’écosystème microbien des fromages, une plus grande facilité à en parler peuvent à terme fortement modifier la perception du lait cru par les consommateurs citoyens et participer à l’évolution favorable en cours de la perception des « microbes » en général.

Actions

Ce projet se décompose en 3 actions:
Action 1 : Animation et pilotage du projet – coordination
Objectifs de l’action:
 permettre le bon déroulement du projet, tant d’un point de vue technique que de celui du partenariat
 assurer le suivi administratif et financier du projet
 réaliser les tâches nécessaires à la mise en oeuvre des expérimentations (construction des protocoles et levée des verrous méthodologiques)

Action 2 : Réalisation des expérimentations (volet expérimental)
Objectifs de l’action:
 Mettre en oeuvre les suivis et les réaliser les 936 prélèvements prévus chez les 12 individus échantillonnés
 Réaliser ou coordonner la réalisation des analyses physico chimiques, bactériologiques classiques et métégénomiques
 Réaliser les premières phases du dépouillement des données, en allant jusqu’à la description des dynamiques microbiennes par transformation suivie

Action 3 : Interprétation et valorisation des résultats (volet transfert)
Objectifs de l’action:
 Réaliser les traitements statistiques nécessaires pour réaliser une analyse globale des résultats
 Construire des supports de diffusion adaptés aux différents publics cibles
 Réaliser la diffusion auprès du public prioritaire, à savoir les producteurs des filières test

Publics visés

Notre public prioritaire sera les producteurs laitiers et fermiers et les transformateurs membres des différents ODG, dans la mesure où ils seront les acteurs du développement des futurs travaux. Au-delà, nous nous proposons de réaliser une diffusion large auprès de l’ensemble des producteurs des filières, grâce à des articles dans les lettres d’information des Syndicats ou des interventions lors des Assemblées générales annuelles.

Ressources

Synthèse

2018- Synthèse de résultats

Poster

2020 – Résumé des résultats

Article

2024- Article C.Lecaude

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Contact

Cresciense LECAUDE

Partenaires

Le partenariat est construit autour de 4 partenaires : CERAQ, l’AFTAlp (utilisateur, regroupant les 7 fromages de terroirs des Savoie), Actalia (Institut technique des fromages unité produits laitiers, ex Institut Technique Français des Fromages) et l’ENILV de la Roche sur Foron.

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Financeurs

Ce projet a bénéficié d’une subvention du Conseil Régional Rhône Alpes et de l’Europe avec le FEADER .

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